谢谢邀请，这是因为欧冠小组第三名遭遇的分组规则是直接进入欧联杯的淘汰赛阶段，而不是小组赛阶段。
欧联杯也称欧洲足球欧洲联赛，从原先的欧洲联盟杯改制而来，与改制前的联盟杯相比，最大的改变是初赛分成12小组，每组4队进行主客循环赛，每组头两名（共24队）进入淘汰赛，而欧洲冠军联赛成绩最好的每个小组赛的第三名，也会晋级淘汰赛，这样一共32队晋级淘汰赛。
欧联杯的淘汰赛和赛会制的世界杯、欧洲杯有所区别，后者为单场淘汰制，而欧联杯的淘汰赛则要分主客场，以两回合比分决定晋级队伍。
本来欧联杯设置第三阶段比赛为淘汰赛的用意是为了方便欧冠小组第三名直接晋级淘汰赛，这样好歹也能捞个欧洲赛场的比赛打，提高票房或者增加场次收入，而且欧冠小组第三名不用因为在欧冠小组赛之后就陷入无欧洲赛事的尴尬局面。
欧冠小组第三的队伍当中很有可能有上届冠军，或者各种大意失荆州的球队，在小组赛被淘汰后才参加欧联杯，而欧联杯就成为了那些被淘汰强队或者“准强队”甚至是上届冠军队“无鱼虾也好”的选择，但因为各国联赛的欧冠积分不同，欧
@李暘
关于赛制的回答已经很清楚了，这里补充一点：
1.大型杯赛球队队数的确定。
因为杯赛一般都是淘汰赛性质，所以进入淘汰赛球队的数量必须是2的N次方，因为这样才能保证每只进入淘汰赛的球队都会有对手。世界杯（32支队，淘汰赛16支队）、欧洲杯（16支队）、欧冠（32支队，淘汰赛16支队）等重大杯赛无一例外。
如果进入淘汰赛的队数不是2的N次方，那就不能保证赛事公正公开公平的原则，必然会有球队轮空。比如进入淘汰赛的队伍是12支，下一轮就有6支球队参赛，仍可保证公平，但再下一轮就只有3个球队晋级，就得有一个球队轮空了。
2.如果照楼主意思，欧冠每回合淘汰的球队都可以进入联盟杯的下一阶段，那联盟杯的比赛可以上演以下几种坑爹的情形。
情形一：某联盟杯球队晋级淘汰赛，我擦！碰到了一个欧冠杯小组赛淘汰者！好不容易又晋级了，我靠！怎么又碰到上一轮的欧冠1/8淘汰者！。。。好不容易又晋级了。。。奶奶的，怎么又遇到欧冠半决赛淘汰者了！。。。好不容易夺冠了。。。一把鼻涕一把泪。。。。「啊苍天啊。。。您将降大任
我认为这个根本原因在于，一个赛季可以一刀切为上半赛季和下半赛季，类似一学年包含两个学期，而上半赛季和下半赛季是相对独立的两个部分，欧冠和欧联的小组赛和淘汰赛，同时分属两个半季。
也就是说欧冠和欧联是两个比赛，但也可以相对的看成四个比赛，每个比赛开始前统一制订赛程，这样，虽然欧联的淘汰赛有半路杀进来的球队，但仍然和欧冠保持了相互的独立和完整性，并不影响赛事的统筹安排。
但如果欧冠淘汰赛后被淘汰的球队也能参加欧联，那欧冠和欧联就会交叉混合成一个世界上最复杂，也极为庞大的一个比赛，其面临的困难是赛程是随赛随排，每场比赛什么时候设置非常棘手。
PS.世界上最复杂的联赛据说是比甲，就是既有全循环，又有分组循环，最后还有交叉淘汰。
真要有原理，那就是：欧冠淘汰赛16强，欧联淘汰赛32强都已经一对一配对了，对打能够继续下去，不需要再从外面找人了
我妈问我还记得楝子花的歌谣不？我妈说，你和你姐小时候常念叨。
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